Süper Lig’in 2016-17 döneminde Bursaspor’un deplasmanda Trabzonspor’u 2-1 yenerek ligde kaldığı uğraşta grubun başında olan genç teknik adam, sonraki dönem da Fransız çalıştırıcı Paul Le Guen ile kulübün yollarını ayırmasının akabinde vazifeye gelerek, kadronun başında son 6 maça çıktı.

2020/21 dönemi prestijiyle yine grubun başına geçen Mustafa Er ile 1 yıllık mukavele imzalanırken, Bursaspor, TFF 1’inci Lig’i 10. sırada tamamladı. Bu dönemin başında ise tekrar muahede sağlanan 41 yaşındaki teknik adam ile 3 yıllık kontrat imzalandı.

Ancak, TFF 1’inci Lig’in birinci haftasında, alanında ağırladığı Adanaspor ile 1-1 berabere kalan Bursaspor’da teknik yönetici Mustafa Er ile yollar ayrıldı. Kulüpten yapılan açıklamada, genç teknik adama verdiği hizmetlerden dolayı teşekkür edildi.

Aktif futbolculuk mesleğinde Bursaspor’un altyapısından yetişen ve uzun yıllar yeşil beyazlı forma ile ter döken Mustafa Er, A ekibin başında ise toplamda 46 maçta misyon aldı. Bu uğraşların 19’unu Bursaspor kazanırken, yeşil beyazlılar 21 müsabakada ise alandan yenilgiyle ayrıldı. Geride kalan 6 gayret ise eşitlikle sona erdi.